Giai đoạn cuối cùng của sự cai trị nhà Valois ở Pháp được đánh dấu bằng các cuộc Chiến tranh Tôn giáo của Pháp. Henry II qua đời khi bị bệnh lao vào năm 1559. Con trai cả và người thừa kế của ông, Francis II kế vị ngai vàng. Vị vua mới đã trở thành Vương phu của Scotland theo quyền của vợ ông, Mary, Nữ hoàng Scotland. Họ ngoại của nữ hoàng, hoàng tộc Guise đạt được một sự thăng tiến hơn so với vị vua trẻ.

Hoàng tộc Guise là một nhánh nhỏ của hoàng tộc công quốc Lorraine. Họ tuyên bố có nguồn gốc từ Charlemagne và có thiết kế phù hiệu trên ngai vàng của Pháp. Họ coi Vương tộc Bourbon, các hoàng tử chong dòng máu như kẻ thù không đội trời chung của họ. Hoàng tộc Bourbon dẫn đầu, anh em Antoine, Vua của Navarre, và Louis, Hoàng tử Condé, là những người theo đạo Tin lành. Nhà Guise tự nhận mình là nhà vô địch của chính nghĩa Công giáo. Họ đã làm vấn đề quan trọng hoá đến mức đến mức xử tử Condé khi vị vua trẻ qua đời.

Với sự kế vị của con trai út Charles IX vào năm 1560, Catherine de 'Medici đã điều động để cân bằng quyền lực. Bà trả tự do cho xứ Condé, với hy vọng sử dụng nhà Bourbons làm đối trọng chống lại nhà Guises. Antoine của Navarre cải sang Công giáo và trở thành Trung tướng của Vương quốc. Vụ thảm sát Vassy đã châm ngòi cho cuộc chiến tranh tôn giáo "đầu tiên" giữa người Công giáo và người Huguenot. Vua Navarre và các công tước Guise đã chết trong cuộc chiến này. Anne xứ Montmorency, Constable của Pháp, là nạn nhân thương vong đáng chú ý trong cuộc chiến thứ hai. Condé chết trong cuộc chiến thứ ba. Người Huguenot đã không thể giành được một chiến thắng thực sự, nhưng có thể giữ một đội quân trên thực địa.

Henry, Vua của Navarre, kết hôn với Margaret của Pháp, em gái của Charles IX, vào năm 1572. Cuộc hôn nhân vốn được kỳ vọng là sẽ hòa giải giữa những người theo đạo Tin lành và Công giáo, nhưng đã được chứng minh là một sự thất vọng. Vụ thảm sát Ngày Thánh Bartholomew xảy ra sau đó khi những người Huguenot đổ xô đến Paris dự đám cưới đã bị thảm sát hàng loạt. Vua Navarre và xứ Condé được tha, buộc phải cải đạo và bị giam giữ. Cảm giác tội lỗi vì đã để xảy ra vụ thảm sát sẽ ám ảnh Charles trong suốt quãng đời còn lại. Năm 1573, em trai của nhà vua, Henry, Công tước của Anjou, được bầu làm Vua của Ba Lan.

Năm 1574, chỉ ba tháng sau khi Henry đăng quang làm Vua của Ba Lan, ông kế vị ngai vàng của Pháp với danh xưng Henry III. Năm sau, người em trai họ duy nhất còn lại của nhà vua, Công tước Alençon, bỏ trốn khỏi triều đình và gia nhập với Condé và Navarre. Mối đe dọa tổng hợp này buộc nhà vua mới phải chấp nhận các yêu cầu của quân nổi dậy. Alençon được phong làm Công tước của Anjou. Sự nhượng bộ đối với người Huguenot đã làm mất lòng tin của những người Công giáo, những người đã thành lập Liên đoàn Công giáo. Liên minh được lãnh đạo bởi các hoàng tử của Nhà Lorraine - các công tước của Guise, Mayenne, Aumale, Elboeuf, Mercœur và Lorraine, được sự hỗ trợ của Tây Ban Nha. Người Huguenot trấn giữ phía tây nam và liên minh với Anh và các hoàng thân của Đức. Cái chết của anh trai nhà vua, vào năm 1584, có nghĩa là Vua Navarre và Huguenot đã trở thành người thừa kế ngai vàng của Pháp. Bị áp lực bởi Liên đoàn Công giáo, nhà vua ban hành Hiệp ước Nemours, cấm đạo Tin lành và khiến những người theo đạo Tin lành không có khả năng nắm giữ chức vụ hoàng gia.

Trong cuộc Chiến tranh của Ba người tên Henry, những người bảo hoàng do nhà vua lãnh đạo, những người Huguenot do Henry của Navarre lãnh đạo và Liên đoàn Công giáo do Henry xứ Guise lãnh đạo, đã đấu tranh ba bên để giành quyền kiểm soát nước Pháp. Sau sự sỉ nhục của Ngày rào cản, Henry III bỏ trốn khỏi Paris. Henry Guise đã vào Paris chống lại lệnh cấm rõ ràng của ông; ông quyết tâm ám sát công tước một cách táo bạo. Vụ ám sát của xứ Guise đã thu hút sự chú ý của Liên đoàn Công giáo. Henry III tìm kiếm liên minh với Navarre. Hai vị vua đang chuẩn bị đánh chiếm Paris với đội quân hùng hậu của họ, thì nhà vua Pháp thất thủ bởi bàn tay của một sát thủ. Với cái chết của ông, dòng dõi nam giới của Nhà Valois đã hoàn toàn bị tuyệt tự, sau khi trị vì 261 năm ở Pháp.